Наряду с непосредственно рыбоохранной работой по соблюдению гражданами требований Правил рыболовства, значительные усилия Отдела сосредоточены на предупреждении и выявлении нарушений природоохранного законодательства, несущих угрозу среде обитания водных биологических ресурсов. Масштабное строительство и реконструкция объектов инфраструктуры города, возведение новых жилых районов, благоустройство водных объектов, безусловно, необходимо, но это не всегда согласуется с нормами и требованиями Водного кодекса и 166-ФЗ от 20.12.04 « О рыболовстве и сохранении ВБР», что наносит непоправимый ущерб водным биологическим ресурсам и среде их обитания.
Так должностными лицами отдела, ответственными за предупредительный (санитарный) надзор, в сентябре 2013 года на юридических и должностных лиц, нарушивших законодательство в сфере сохранения водных биологических ресурсов и среды их обитания, было наложено штрафов на один миллион восемнадцать тысяч рублей, а за три квартала 2013 года на сумму более четырех миллионов рублей. Кроме того, предъявлено ущербов, нанесенных водным биологическим ресурсам на сумму более пяти миллионов рублей.
В соответствии с нормами Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях Отделом принимаются меры по взысканию наложенных штрафов и предъявленных ущербов.